航空障礙燈控制器的閃爍頻率控制方式可以分為多種。

首先，一種常見的方式是通過直接調節燈具的閃爍頻率。這種方式需要將燈具拆開，并可能需要調節其內部的IC。這種方式的優點是可以單獨調節每個燈的閃爍頻率，但操作起來較為麻煩，可能需要廠家的配合。

另一種方式是通過控制器來控制航空障礙燈的閃爍頻率。這種方式可以整體調節航空障礙燈的閃爍頻率，但同樣需要廠家的配合。

第三種方式是使用航空障礙燈控制箱來控制燈的閃爍頻率。這種方式可以在打開箱門后直接調節，但通常只能調節3個檔位。

最后，一些現代化的航空障礙燈控制器可以通過遙控器來調整和控制燈的閃爍頻率。這種方式可以避免前述控制方式的限制，并能與控制箱、控制器和燈具配合使用。

需要注意的是，無論采用哪種控制方式，都需要確保航空障礙燈的閃爍頻率符合國際民航組織（ICAO）和相關國家民航局的規定和標準，以確保飛行的安全。